Vào ngày 4 tháng 12 năm 2006 Kế hoạch di dời của Boston đến một sân vận động mới trên The Boardsides đã bị Hội đồng Boston Borough nhất trí từ chối. Điều này khiến tương lai của câu lạc bộ bị nghi ngờ nghiêm trọng. Chủ tịch James Rodwell cho biết tương lai của câu lạc bộ đang "treo trên bàn cân" vì York Street không có đủ cơ sở vật chất cho phép câu lạc bộ hoạt động có lãi, và cần phải có động thái xóa sổ các khoản nợ của câu lạc bộ. Rodwell xác nhận rằng ông sẽ họp với các cổ đông trong vài ngày tới để xác định hướng hành động tốt nhất, nhưng thừa nhận rằng tương lai của câu lạc bộ cuối cùng nằm trong tay HM Revenue and Customs, người đang nợ một con số khá lớn gồm 6 chữ số.

Trong một tuyên bố đăng trên trang web chính thức của câu lạc bộ vào ngày 5 tháng 12, anh nói: "Tình hình tài chính của câu lạc bộ ở thời điểm hiện tại rất tồi tệ. Tôi sẽ kêu gọi tất cả những người ủng hộ và bất kỳ ai quan tâm đến tương lai của câu lạc bộ bóng đá, hãy là nhà đầu tư hoặc người mua tiềm năng, hãy đến ngay lập tức ”.

Vào tháng 11 năm 2006, huấn luyện viên Boston Steve Evans và cựu chủ tịch Pat Malkinson của ông đã nhận tội "âm mưu gian lận doanh thu công từ năm 1997 đến năm 2002". Cả hai đều được cho hưởng án tù treo.

Vào tháng 5 năm 2007, Boston tham gia Thỏa thuận Tự nguyện của Công ty vào cuối trận đấu cuối cùng của mùa giải khi họ biết mình sẽ bị xuống hạng đến Conference.[5] Điều này cho phép họ tránh bị trừ điểm trong mùa giải tới,[7] nhưng đã chứng tỏ một động thái gây tranh cãi.[5]

Vào ngày 10 tháng 6 năm 2007, cuộc họp thường niên của Football Conference đã bỏ phiếu ủng hộ việc loại Boston United xuống Conference North, tuyên bố rằng các điều khoản của Thỏa thuận tự nguyện của công ty mà Boston đã tham gia là đằng sau quyết định. Altrincham sau đó đã được miễn xuống hạng cho mùa giải thứ hai đang chạy. Giám đốc điều hành John Moules đã đưa ra tuyên bố này:

"Bởi vì Boston United vi phạm các quy tắc nhất định, nên có cảm giác Blue Square North là nơi tốt nhất cho họ. HM Revenue and Customs ã đưa ra lời cảnh báo trước CVA rằng Boston không thể thanh toán cho các chủ nợ bóng đá. Điều đó phá vỡ quy tắc và quy định của Football Association, Football League và Football Conference. Chúng tôi đang cho Boston cơ hội để tái thiết lập mình như một câu lạc bộ hàng đầu bên ngoài Football League. Họ tin rằng quyết định mà chúng tôi đưa ra là công bằng và chính đáng, và họ sẽ không kháng nghị. Chúng tôi đã họp cả ngày hôm thứ Sáu với Boston United và sau đó thông báo với Altrincham rằng họ sẽ ở lại."

Vào ngày 4 tháng 7 năm 2007, Chestnut Homes, một công ty phát triển nhà ở địa phương, thông báo rằng họ đã mua lại Boston United FC.[8]

Trong một tuyên bố tại cuộc họp báo, tân chủ tịch David Newton cho biết: "... chúng tôi rất vui khi được ngồi ở đây ngày hôm nay và đưa ra những cam kết nhất định với những người ủng hộ trung thành của câu lạc bộ. Trong khi chúng tôi tham gia vào câu lạc bộ, câu lạc bộ sẽ trắng hơn hơn màu trắng. Khi chúng tôi ở đây, mọi người sẽ được trả lương. Chúng tôi sẽ thận trọng trong việc quản lý tài chính của câu lạc bộ. Chúng tôi sẽ cố gắng trở nên xuất sắc trong và ngoài sân cỏ. Khi tài chính cho phép, chúng tôi sẽ phát triển đội trẻ của câu lạc bộ, và nếu quản lý tốt điều đó sẽ chia cổ tức trong trung và dài hạn cho câu lạc bộ. Trên hết, chúng tôi sẽ cố gắng xây dựng lại danh tiếng của câu lạc bộ bóng đá này."[9]

Trong suốt mùa hè năm 2007, Boston đã mất toàn bộ đội hình của họ nhưng Stewart Talbot và Paul Ellender, và huấn luyện viên mới Tommy Taylor phải bắt đầu lại từ đầu. Cuối cùng, đội bóng đã kết thúc ở vị trí giữa bảng nhưng xét về mọi thứ, đó không phải là một mùa giải tồi tệ. Tuy nhiên, vào cuối mùa giải, người ta đã thông báo rằng Boston sẽ bị trục xuất khỏi cấu trúc giải đấu Conference sau khi câu lạc bộ không thể rút quyền quản lý vào hạn chót ngày 10 tháng 5. Hội nghị là liên đoàn duy nhất trên thế giới có phụ lục này, đây không phải là một quy tắc như vậy, mà chỉ là một hướng dẫn sử dụng theo quyết định của Liên đoàn. The Pilgrims thoát khỏi sự giám sát trước khi kết thúc mùa hè.